Примерно так. Правда, id узла не нужен - модуль может быть подключен и к нескольким узлам одновременно... При такой реализации управление правами придется полностью передать модулям... правда, при этом будут шире возможности по их настройке.
Правда, это не снимает проблемы "висячих" комментариев при удалении или переустановке модуля... правда, работу по их очистке можно возложить на модуль управления модулями... благо что он всего один.
 
Даже еще проще: удаление комментариев относящихся к модулю можно сделать дополнительным запросом в файле uninstall.sql