Пошло все кувырком потому, что попытались бакап от старой версии накатить на новую. Либо надо было устанавливать свою версию, а потом обновлять, либо сначала обновлять свою, а потом снимать бакап.
Самый простой путь был - посмотреть какие используются запросы в скриптах обновления (в Вашем случае updates/3.3-3.4.php). Или просто "руками" сказать системе что БД более старая, исправив в файле data/cms.ini на версию Вашей базы (правда, при этом все равно стоило ознакомиться с содержимым обновления - там не всегда бывают только запросы).
Кстати, чтобы переустановить систему, достаточно удалить файл data/install.lock (при этом, все данные в БД будут уничтожены).
PS В обновление входило три запроса
MySQL
ALTER TABLE ?_pages ADD `page_description` VARCHAR( 255 ) NULL DEFAULT NULL AFTER `page_text` , ADD `page_keywords` VARCHAR( 255 ) NULL DEFAULT NULL AFTER `page_description`;
ALTER TABLE ?_pages CHANGE `date_updated` `date_updated` TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP;
ALTER TABLE ?_pages ADD INDEX ( `date_updated` );Первый, Вы в итоге сделали. Для завершения обновления осталось выполнить последние два