Это сделано сознательно, так как в случае, если допустить возможность работы в подкаталогах, то установку системы пришлось бы начинать с правки (пусть и незначительной) правил modRewrite в .htaccess, что новичков бы отпугнуло. А не новичкам не составит труда создать на сервере еще один хост.