3. Подключаемый пользовательский код.
Собственно то, ради чего делалось все предыдущее. Чем неприятно самостоятельное внесение изменения в функционал? Тем, что приходится быть крайне внимательным при обновлении версий, чтобы не перезатереть внесенные изменения. Ну либо вовсе воздерживаться от изменений, что еще хуже. В идеале, надо все изменения вынести в отдельное место так, чтобы они работали, но не являлись частью обновляемого кода.
Теперь такое место есть и находится оно тут:

Все что вы хотите изменить в коде, добавить свои хуки, классы или настройки, можно вносить (подключать) в этот файл. Он подключается в самом начале генерации страницы, так что имеет приоритет почти над всем что будет подключаться познее.
 
При желании, сюда же можно вносить собственные плагины для smarty, но так же для них предусмотрен каталог

Он так же имеет приоритет над стандартным каталогом плагинов smarty, так что помещая туда собственные плагины, есть возможность переопределять имеющиеся не удаляя их.