В багтрекере невозможно удалить версию, у которой нет сообщений. В то же время, можно удалить версию у которой сообщения есть.
Последовательность действий
Выбираем версию у которой нет записей, жмем удалить, получаем ошибку что записи есть.
Ошибка в файле edit_version.php
PHP
if (Db::i()->selectCell("SELECT COUNT(bug_id) FROM ?_bt_bugs WHERE version_id=?", $_GET['var1']))
Пропущено отрицание в начале условия.