Подумал я о такой опции:
при установке компонента, сделать галочку "включить в структуру сайта" (название надо будет придумать более "человеческое", но пока пусть так будет). В результате установки этой галочки, для свежеустановленного модуля будет в структуре сайта создан узел, куда и будет подключен этот модуль. Узел я планирую создать в первом уровне вложенности одного из деревьев.
Штука должна быть удобная для новичков, так как они после установки модуля сразу ожидают увидеть его на сайте. Правда, это влечет и некоторые проблемы:
 
1. все модули (включая админские) при установке будут помещаться в "пользовательское" дерево. Или админские надо как-то помечать, что это модули "повышенной важности".
2. работать , по логике, это должно только для компонентов, так как подключать, скажем, статичный модуль на отдельную страницу смысла нет.
3. чтобы страница появилась в меню сайта, надо сразу будет проставить галочку "отображать в меню" в главном дереве. На тестовом сайте с этим никаких проблем, а вот на рабочем сайте это означает что посетителям станет виден еще ненастроенный модуль, да еще и с непонятно каким URL...
 
В общем, не знаю стоит ли затея потраченного на нее времени?