Может это быть с этим связано?
Я бы предположил что это связано с тем, что визуальный редактор и файлменеждер довольно слабо завязаны на систему и работают несколько "мимо" нее.
Попробуйте посмотреть файл
/skins/default/tiny_mce/plugins/tinybrowser/config_tinybrowser.php
Мне кажется что строчка
PHP
$tinybrowser['docroot'] = rtrim($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'],'/');
это как раз то, что может быть источником проблемы.