когда у меня был косяк со storage он показывал мне в списке файлы и папки, которых на деле в системе не было, вот у меня и возникло подозрение что он их где-то хранит.
Скорее всего, просто файлы загружались в какое-то другое место... Возможно, они и сейчас там.
ps было бы очень не плохо, если бы на странице загрузки писалась версия загружаемого файла. а то я скачал архив но так и не нашел где там версия
Пока не представляю как это сделать - архивы генерятся скриптом прямо из svn, так что у них нет доступа к БД. Но вообще идея правильная - надо будет подумать как это сделать.