Скажите, а у вас нет в планах полностью перейти на jQuery вместо mootools? Я так понимаю если я сам переделаю весь сайт на jQuery, то после очередного обновления всё сломается.
В планах нет, но Вы можете использовать любой удобный фреймворк - ничего критически важного на него не завязано (кроме тулбара в форме ответа, но он тоже не критичный
). По возможности, стараюсь все скрипты писать независимыми от фреймворка, так как понимаю, что не все являются фанатами mootools.По этой же причине не использую ajax на клиентской части.