PHP
file_put_contents($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/storage/request.log', print_r($_GET, true).print_r($_POST, true));и посмотрите что приходит в результате запроса от флешки.
Или же попробуйте использовать "тяжелую артиллерию" для анализа запросов (что-то на подобие IEInspector HTTP Analyzer).
Почти наверняка данные просто куда-то не туда посылаются. Там еще может быть проблема с передачей сессии - флеш этим тоже грешит.
И еще одно - флеш плеер посылает другой юзерагент, нежели браузер, так что обратите внимание в настройках сайта на опцию "Защита сессии": стоит установить ее в режим "ip", или вообще отключить на период тестирования.