Я уже писал выше о проблемах которые надо решить при загрузке через флеш, но попробую написать еще раз:
 
1. Флеш корректно не передает идентификатор сессии. То есть отправляете файл как зарегистрированный пользователь, а приходит он уже от имени "гостя" - если у Вас стоит какая-то проверка прав, то их просто не хватит. Необходимо идентификатор сессии прикручивать к запросу ручками (наверняка в плагине есть такая опция).
Собственно, об этом написано в самом первом пункте руководства по скрипту.
 
2. Флеш шлет другой юзерагент, нежели браузер, так что валидировать сессию по методу "ip+user_agent" нельзя, так как от браузера и от флеш-плагина они приходят разные. В итоге разрыв сессии и все прелести описанные в первом пункте.