По данному вопросу подумалось мне следующее:
можно создать не отдельный универсальный модуль, а общий класс с единым интерфейсом для всех модулей. Если уж все равно модуль должен сообщать для какого id ему нужны комментарии, то пусть он имеет в своем составе раздел для работы с комментариями. Сделать интерфейс класса предельно простым, а таблицу комментариев в БД создавать при установке системы.
Подобная схема успешно работает с модулями постраничной навигации, отправкой почты и экспортом RSS. Может и для комментариев подойдет?