На самом деле, полностью обкатанной схемы пока нет (собственно, и класс пока не закончен), но предварительно мне это представляется как-то так:
В начале файла index.php модуля подключается обработчик для работы с комментариями. Он проверяет не относится ли переданная переменная action  к его компетенции, если относится  - берет управление на себя, если нет - снова передает его модулю. Брать на себя управление он будет при любых операциях связанных с комментариями, кроме отображения комментариев - этим должен будет заниматься сам модуль. Вроде бы получается все достаточно просто и логично. Из неочевидного следующее:
 
1. Настройки и права на комментарии. Автор модуля должен будет их добавить в config.xml. Это не проблема, так как он все равно будет править модуль, но если они будут изменяться и дополняться - он должен это отслеживать.
 
2. Непонятно где хранить шаблон для форм (и нужен ли он вообще). В принципе, форму можно генерить прямо в переменную, но тогда из простой кастомизации ее останется только css.
 
3. Нельзя будет сделать внутри модуля закрытых публикаций. То есть если одна публикация видна всем пользователям, а другая - только отдельной группе, то закрытую публикацию смогут комментировать все, так как класс комментариев не имеет ни малейшего представления о разграничении прав внутри модуля. Правда, для того чтобы оставить такой комментарий надо будет знать (или подобрать) id одного из комментариев к закрытой публикации.