jen:

Можно попросить Вас дописать в руководстве по установке несколько строчек про обновление (для таких как я пользователей Ubuntu), особо обратив внимание на то, чтобы следили за правами?

Ну в общем-то принято считать, что пользователи Linux отдают себе отчет в собственных действиях
Тут скорее всего негативно сыграл тот фактор что Вы не знали что система должна корректно обновляться. Поэтому и в голову не пришло проверять доступны ли файлы для работы вообще, а сразу предположили ошибку обновления (хотя, текст логов должен бы был Вас насторожить )