Text
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="{$base}at_blog/js/skins/markitup/style.css" />
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="{$base}at_blog/js/sets/default/style.css" />Добавьте jQuery в пакет загрузки, а то его там нету.
И ещё одно, не знаю, может это не столь существенно, но у меня с этим были проблемы: для js-файлов важен порядок подключения, а подключаются они в алфавитном порядке. Мне пришлось изменять имена файлов, а поскольку там не пару js + ещё <script> в tpl файле - я долго подбирал очерёдность с отладчиком. Вот что у меня получилось:
