Можно попробовать в файле index.php в начале прописать такую штуку:
<?
  $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].='/upload';
 
Вполне возможно что сработает, хотя в таком виде и не тестировалось
 
Ах да - еще надо исправить RewriteBase в .htaccess
Но я бы посоветовал просто создать хост host.mysite.com и тестировать на нем.