Исторически так сложилось. На тот момент когда стоял выбор между фреймворками у jquery еще не было такого подавляющего преимущества в распространенности.
Вполне возможно что к релизу пятой версии мутулз останется только в админской части, а в клиентской будет jquery и что-то вроде бутстрапа. Сейчас как раз нечто подобное рисует Mushtat.
 
PS Это сообщение я написал залогинившись через оперу.