Вечером протестирую на сервере. Если не поможет попробую разобраться в коде.
Там проблема не в коде скорее всего, а в неаккуратном обращении с данными флешем. Надо сниффер ставить и смотреть что он на сервер отправляет. Я на 90% уверен что он не передает корректный идентификатор сессии, в итоге пользователь оказывается разлогиненным.
При этом хорошо бы пользователю отдать корректный ответ, но непонятно куда вообще реально происходит обращение. Я бы прпробовал посмотреть, но у меня ошибка больше не воспроизводится - загружает все нормально.
А какой браузер используется? Я последний раз тестировал под Firefox.
PS. И еще одно. Если в загрузчиком пока разобраться не получается, то можно просто отключить Javascript или Flash на время загрузки. В этом случае многофайловая форма превратится в обычную.